2008年,南京银行再迎来重要转折点,金融市场业务重新“融入母体”,被赋予了坚强自身、同时助推南京银行业务结构转型的重任。第二年,资金营运中心更名为金融市场部,业务范围从本币扩大至外币,负责南京银行除信贷资产和对外投资以外的其他各类生息资产的运作。

2016年,南京银行金融市场部整体搬迁至上海,更名为资金运营中心,并于2017年年底获批独立持牌,2018年1月正式揭牌开业。南京银行相关负责人表示,这块牌照为该行转型发展和金融创新提供了有力支持。